Содержание
мастер-классы и схемы с фото
Техника объемного плетения бисером: мастер-классы и схемы с фото
Техника объемного плетения бисера позволяет создавать различные объемные браслеты и колье, фигурки зверей, 3D цветы и бабочки, жгуты квадратные и круглые, объемные, ажурные, с включением рубки и стекляруса, жемчуга и натуральных камней.
Шарики из бисера
Кристина
Пошаговая инструкция
Плетёные шарики из бисера можно использовать в …
10 августа 2015
17139
0 8
Букет невесты из бисера
Кристина
Пошаговая инструкция по плетению
Букет невесты из бисера идеально впишется …
10 мая 2015
6921
0 7
Диванчик из бисера
Кристина
Пошаговый мастер-класс с фото
Для изготовления бисерного диванчика лучше .
..
4 января 2012
2115
0 1
Дед Мороз из бисера
Кристина
Пошаговая инструкция плетения
Схема плетения
Шаг 1: плетём колпак …
26 декабря 2011
6945
5 8
Собаки из бисера
Кристина
Пошаговая инструкция с фото
Собаки из бисера могут запросто стать …
20 октября 2011
44158
8 15
Лось из бисера
Кристина
Вот такой он у нас красавец — лось. Нравится? тогда давайте попробуем его .
..
31 августа 2011
4654
6 4
Рак из бисера
Кристина
Схема плетения
Нажмите на картинку, чтобы ее увеличит. Ниже вы найдете …
23 июля 2011
8658
0 4
Если вы научились делать плоские фигурки из бисера, вы можете браться за изготовление более сложных объемных элементов, для создания которых нужны знания основных приемов бисероплетения.
Одним из самых простых приемов объемной техники является плетение цилиндра. Для его изготовления сначала плетется жгут определенной ширины, который затем с помощью ниток соединяют в цилиндр. Далее, уже в зависимости от задумки, на этот цилиндр добавляют различные наложения.
Техника объемной вышивки бисером появилась в рукоделии сравнительно недавно.
Такой вариант подходит в том случае, когда необходимо выделить какую-либо деталь на картинке и сделать на ней акцент. В данном случае нет смысла делать всю вышивку объемной, иначе она выйдет громоздкой и неаккуратной, а небольшая объемная деталь добавит поделке интересную «изюминку», делающую ее уникальной и неповторимой.
При работе с объемной вышивкой забудьте о правилах, принятых в классическом бисероплетении. При выборе бисера подбирайте материал такого размера, который будет соответствовать одной клеточке канвы, поэтому шарики должны быть крупными, а клетки – как можно меньшими.
К основе бисер крепят стежком «полукрест», мастер-класс по которому вы можете посмотреть ниже.
Схема вышивки стежка «полукрест»
Это простой и надежный способ прикрепления бисера к ткани, который в объемной технике пришивают не гладко, а рельефными наслоениями. За счет изменений текстуры, цветовых сочетаний и игры света готовая работа получается с шикарным 3D эффектом.
как сделать, пошаговые мастер-классы для начинающих
Создание вещей своими руками давно вошло в моду. Изготовление украшений и сувениров превратилось в вид художественного творчества. Схема дракона из бисера и практические мастер-классы доступны как начинающим, так и опытным мастерам.
Для создания необычного подарка в восточном стиле потребуется цветной бисер и проволока
Разные техники плетения дракона бисером
Мастерами бисероплетения разработано большое количество разных способов создания драконов – от простых подвесок, до сложных объемных фигур. При этом используют разные материалы и техники плетения.
Дракон – это мифическое существо, внешний вид которого сочетает тело ящерицы и крылья. Его значение – связь природных сил суши и воздуха, обладание сверхсилой, могуществом, покровительством тайн и богатств. Фигурка может стать прекрасным подарком, наделенным глубоким смыслом.
Изготовление из бисера объемных фигурок доступно детям – это развивает их воображение и творческие способности
Дракон – сказочное существо, оно должно быть ярким и сверкать при свете солнца.
Поэтому нужно правильно подойти к выбору материалов для его изготовления.
Для создания огненной ящерицы лучше выбирать материалы ярких, блестящих фактур в сочетании с золотыми, серебряными и бронзовыми бусинами. Чтобы изделие выглядело презентабельно, наиболее подходит качественный чешский или японский бисер.
Материалы и инструменты, необходимые для плетения дракона:
- бисер разных цветов и размеров;
- проволока 0,3 мм;
- леска;
- бокорезы или кусачки;
- бумага для папье-маше;
- набивка: вата, пенопласт.
Для объемного плетения фигур используют проволоку, именно ее пластичность необходима для создания форм
Несколько советов:
- Использование проволоки позволит сделать дракона подвижным. Но минус в том, что со временем металлическая нить может переломиться.
- Объемные детали укрепляют наполнителем, чтобы они не деформировались.
- Вместо наполнителя можно использовать основу из папье-маше.
- Применение более длинных отрезков проволоки позволит избежать наличия большого количества свободных концов, которые нужно прятать.
- Если проволока закончилась, ее удлиняют так: пропускают через 2 предыдущих ряда новую металлическую нить, а конец старой отрезают. Продолжают плетение уже на новой нити.
Чтобы сделать фигуру большего размера, нужно заменить мелкий бисер на более крупные бусины
Как сделать дракона из бисера
Дракон из бисера может быть:
- простой плоский;
- объемный на проволочной основе;
- объемный с набивкой.
Драконы отличаются по размерам и внешнему виду. Они могут быть выполнены в виде морской змеи без лап, с маленькими или большими крыльями. Их строение может быть символичным и напоминать детскую игрушку, а можно проработать каждую деталь, украсить тело шипами и чешуей, а пасть – зубами.
Чтобы упростить технику параллельного объемного плетения, сначала последовательно формируют все ряды, затем складывают их гармошкой
Модель плетения основана на параллельной технике. Это значит, что леска или проволока проходит в 2 ряда навстречу друг другу.
Подробнее можно увидеть на рисунке. Эта техника легка в основу исполнения и подойдет даже для новичка.
Схемы для техники параллельного бисероплетения легко читаются, их можно применять для детского творчества
Как сплести дракона из бисера
Мифическая ящерица – сложная фигура, ее тело состоит из головы, туловища, лап, хвоста и крыльев. При использовании простой схемы все элементы плетут с помощью одной проволоки. Сложные фигуры предполагают поэтапное формирование всех частей тела и их сборку.
Используя инструкции для объемного параллельного бисероплетения, нужно учесть, что на графическом плане четные ряды обозначают верх (спину), а нечетные – низ (брюшко).
В странах Азии дракон – это олицетворение власти, силы, богатства и величия
Как сплести голову дракона
Формирование головы начинают с носа, сделав петлю из 3 бусин верхнего ряда и 3 нижнего. Далее следуют плану:
- 2 ряда (нижний и верхний) сделать из 4 бисерин каждый.
- Ноздри. Для этого нижний ряд собрать из 5 одинаковых бисерин, а верхний набрать так: 1 бусина основного цвета, 1 темная, 2 основного цвета, 1 темная и 1 основного цвета.
- Глаза дракона. Нижний ряд набрать из 5 бисерин основного цвета, а верх в следующей последовательности: 1 бусина основного цвета, 1 черная, 4 основного цвета, 1 черная и 1 основного цвета.
- Рожки. Нижний ряд набрать из 6 бисерин, верхний собрать в следующей последовательности: 1 бусина основного цвета, 1 темная, 5 основного цвета, 1 темная и еще 1 основного цвета. Снова сделать низ из 6 бусин, а верх набрать так: 2 основного цвета, 1 темная, 3 основного цвета, 1 темная, 2 основного цвета.
- Затем идет нижний ряд в таком чередовании: 5 бусин темного цвета, проволоку заводят в верхний ряд (в срединные 3 бисерины) и снова 5 темных бусин.
- Следующую последовательность проплести 4 раза: 5 бисерин в нижнем ряду, 6 шт. в верхнем.
Для этого нижний ряд собрать из 5 одинаковых бисерин, а верхний набрать так: 1 бусина основного цвета, 1 темная, 2 основного цвета, 1 темная и 1 основного цвета.Голова закончена. Следующий этап – создание тела дракона.
Голова дракона – главная деталь, часто украшена короной из ярких чешуйчатых лепестков, длинными усами и рожками
Важно! Мелкие детали – такие как глаза, рожки и другие украшения, лучше делать в последнюю очередь.
Если сделать их в середине процесса плетения, существует вероятность их повреждения.Как плести из бисера туловище дракона
Схемы параллельного плетения имеют четные и нечетные ряды, которые обозначают низ и верх объемной фигуры
Продолжить по описанию:
- Трижды проплести последовательность: цепочка из 6 бисерин снизу и 6 сверху.
- Один раз набрать цепочки из 7 нижних бисерин и 6 верхних.
- 3 раза плести по 2 ряда (нижний и верхний), равномерно прибавлять в каждой цепочке по 1 бусине, пока их количество не достигнет 9 шт.
- Брюшко: равномерно прибавлять по 2 бусины внизу, при этом в верхнем ряду количество бисера должно быть на 3 шт. меньше. Плести, пока количество на нижней цепочке не дойдет до 15 шт. Повторить еще раз последовательность с 15 нижними и 12 верхними и начать убавление, доведя снизу количество бисера до 12 шт.
- Туловище укрепить набивкой, чтобы тело не сминалось и не деформировалось.
- Плести плавный переход в хвост, каждый раз равномерно убавляя в цепочке по 1 бусине, и довести количество до 8 шт. в линии.
- Хвост: 6 рядов по 6 шт., 8 — по 5 шт., 8 — по 4 шт., 8 — по 3 шт., 8 — по 2 шт. и 8 — по 1 шт. Не забывать: нечетный ряд — это низ, четный – это верх.
в линии.Для наполнения фигурки можно использовать пенопласт, вату, основу из папье-маше
Лапы и крылья из бисера для дракона
Особое внимание нужно обратить на качество выполнения крыльев. Это самая заметная деталь, которую можно украсить яркими элементами.
Основу для крыла сделать по плану, приведенному ниже, и заполнить промежутки бисером другого тона. Хорды крыльев набирать сначала плоским плетением, затем сложить их гармошкой.
Важно тщательно проработать детали крыла, так как это самая яркая акцентная часть образа дракона
Лапы выполнить в следующем порядке:
- Когти сделать из белого материала: надеть белые бусину на проволоку, поместить в середину и продеть оба конца в бисер основного цвета. Затем на один конец надеть бусину основного тона и белый, продеть конец обратно в бисерину основного цвета. Так же сделать 3 палец и добавить 1 дополнительную белую бисерину.
- Переднюю лапу плести так: 1 ряд из 2 бусин и 13 рядов по 3. Ряды сложить в гармошку.
- Задняя нога должна быть шире и мощнее, поэтому после пальцев набрать 3 бисеринки и сделать 7 цепочек по 3 шт. в каждом.
- Широкая часть задней ноги: 2 линии бисера по 8 шт. и 2 — по 9 шт. В последнем ряду вывести проволоку, не доходя до края 3 бисерины.
Так же сделать 3 палец и добавить 1 дополнительную белую бисерину.От правильно подобранного оттенка и размера бусин зависит общее восприятие поделки
Сборка
После того как все элементы будут готовы, собрать их, закрепив свободными концами проволоки в нужных местах. Лапы присоединить в местах сужения тела (впереди и сзади брюшка).
Концы проволоки пропустить в соседние ряды бисерин и обрезать концы кусачками.
Плетение и схема объемного дракона из бисера
В преддверии Китайского нового года актуально изготовить сувениры в виде яркого огненного дракона
Можно сплести китайского дракона из яркого красного бисера.
Этот символ может стать приятным подарком для любителей Фэн-шуй.
Для творчества потребуется:
- яркий красный бисер, желтый, голубой и прозрачный;
- проволока 0,3 мм;
- кусачки.
Ход работы:
- Из красного бисера сплести голову: отдельно сделать верхнюю и нижнюю челюсти, затем объединить их вместе. Украсить голову короной из перьев, а нижнюю челюсть усами.
- Продолжать от головы, сплести шею и хвост простой последовательностью параллельных рядов красным бисером, следуя следующей схеме: 1 ряд из 1 бусины, 5 — из 2 шт., 5 — из 3 шт. Далее включить в работу прозрачный бисер и сделать 1 цепочку из 2 красных (по краям) и 2 прозрачных (в середине), 6 цепочек из 2 крайних красных и 3 прозрачных, 1 цепочку из 2 красных и 3 прозрачных бисерин.
- Хвост изготовить тем же способом, сужая ряды: 6 линий бисера из 3 шт., 8 — по 2 шт. и 8 — по 1 шт.
- Сделать хвостовую лопасть из бисера красного, желтого, голубого и прозрачного цветов.
- Отдельно изготовить лапы дракона и укрепить их на туловище.
Схемы бисероплетения можно дополнять другими элементами, делая изделие более оригинальным
Мастер-класс дракона-амулета из бисера
Из бисера можно создать презентабельные вещи, такие как подвеска в виде королевской змеи-дракона
Для работы потребуется 1 большая бусина и бисер разных цветов и размеров. Техника плетения – мозаичная. Создание этого дракона требует опыта и терпения. При его изготовлении последовательно делают тело, голову и хвост.
Заключение
Схема дракона из бисера поможет создать оригинальные изделия ручной работы. Изготовление аксессуаров принесет заряд положительных эмоций и радость от полученного результата.
Советы и рекомендации по секвенированию нового поколения. Часть 2
Апрель 142020
Советы и рекомендации NGS
Гранулы SPRI
Магнитные гранулы также широко используются в ядерных лабораториях для очистки молекулярных кислот. функция в рабочих процессах NGS — выбор размера.
Гранулы для твердофазной обратимой иммобилизации (SPRI) были впервые представлены в 1998 году и с годами стали важным инструментом в высокопроизводительных молекулярных лабораториях для очистки нуклеиновых кислот. Они в основном используются в рабочих процессах NGS для очистки ДНК или библиотек во время очистки ПЦР, которая удаляет загрязняющие вещества, такие как dNTP, соли, праймеры и димеры праймеров. Благодаря своим свойствам связывания ДНК гранулы SPRI также позволяют выбирать размер молекул ДНК, что является важным шагом в рабочих процессах NGS для обеспечения правильного размера библиотеки для секвенирования.
В настоящее время на рынке представлено множество типов шариков SPRI, однако шарики AMPure XP от Beckman-Coulter являются наиболее часто используемой коммерческой версией в Южной Африке (таблица 1).
| НАЗВАНИЕ ПРОДУКТА | КОМПАНИЯ |
|---|---|
| AMPure XP | Beckman Coulter Life Sciences |
| Mag-Bind TotalPure NGS | Omega Bio-tek |
| Гранулы HigherPurity для очистки ДНК | АГ Сайентифик |
| ProNex | Promega |
| НуклеоМаг | Машерей-Нагель |
| PCRClean DX | Aline Biosciences |
Таблица 1: Различные коммерческие версии шариков SPRI на рынке.
Основной принцип гранул SPRI
Шарики SPRI представляют собой парамагнитные (магнитные только в магнитном поле) частицы, что предотвращает их слипание в растворе.
Каждая бусина изготовлена из полистирола, окруженного слоем магнетита, который покрыт молекулами карбоксильных групп (рис. 1). Эти карбоксильные группы неспецифически и обратимо связываются с ДНК в присутствии полиэтиленгликоля (ПЭГ) и соли, содержащейся в жидком буфере, в котором они поставляются (20% ПЭГ, 2,5 М NaCl). И соли, и ПЭГ играют решающую роль в формировании осадка ДНК на магнитных шариках. Соли обеспечивают связывание ионов с отрицательно заряженными молекулами, такими как частицы ДНК и SPRI, в то время как ПЭГ «вытесняет» растворенные вещества и взвешенные в воде вещества вместе, сокращая водорастворимое пространство. Поскольку иммобилизация зависит от концентрации ПЭГ и соли в реакции, важно объемное соотношение гранул к ДНК.
Стандартная процедура ПЦР-очистки выглядит следующим образом (рис. 2):
- Добавьте и смешайте 1,8 мкл AMPure XP на 1,0 мкл образца (например, 90 мкл гранул на 50 мкл образца).
- Свяжите фрагменты ДНК с парамагнитными шариками путем инкубации при комнатной температуре в течение 5 минут.
- Отделение шариков + фрагментов ДНК от загрязнений с помощью магнитной подставки. Надосадочную жидкость, содержащую загрязнители, отсасывают и отбрасывают.
- Дважды промыть гранулы + фрагменты ДНК 70% этанолом для дальнейшего удаления загрязнений.
- Очищенные фрагменты ДНК из шариков элюируют водой молекулярной чистоты или буфером TE.
- Перенесите очищенный раствор ДНК в новый планшет/пробирку.
Выполнение этих шагов при соотношении гранул к образцу 1,8x свяжет все фрагменты размером более ~100 п.н., оставив после себя более мелкие фрагменты, такие как свободные адаптеры и праймеры.
Советы по обращению с гранулами SPRI
- Тщательно встряхивайте гранулы перед использованием в течение не менее 10 секунд.
- Храните шарики при правильной температуре (2–8°C).
- Перед использованием подождите, пока шарики уравновесятся до комнатной температуры (~ 30 минут).
- Раствор шариков вязкий, используйте технику медленного пипетирования и хорошо откалиброванные пипетки.
Всегда готовьте свежеразбавленный этанол для этапов промывки.
Использование выбора размера на основе SPRI в NGS
Возможность выбора фрагментов ДНК определенного диапазона размеров является важным шагом во всех рабочих процессах NGS с использованием секвенирования с коротким считыванием (например, Illumina и Ion Torrent) в качестве фрагментов слишком маленькие или слишком большие будут мешать химическому секвенированию. Размер фрагментов, элюируемых с гранул (или связывающихся в первую очередь), определяется концентрацией ПЭГ, а это, в свою очередь, определяется объемом гранул по отношению к ДНК.
При изменении этого соотношения длина фрагментов, связывающихся и/или остающихся в растворе, также изменяется, чем ниже соотношение SPRI:ДНК, тем крупнее фрагменты, которые связывают гранулы. Меньшие фрагменты остаются в буфере и обычно отбрасываются, что приводит к разным диапазонам размеров из одного образца при многократной очистке.
Этот эффект связан с тем, что размер фрагмента ДНК влияет на общий заряд на молекулу, при этом более крупные фрагменты имеют больший заряд, что способствует электростатическому взаимодействию с гранулами и вытеснению более мелких фрагментов.
Стандартная очистка, как описано выше, будет использовать соотношение шариков к образцу > 1,0 (обычно 1,0x, 1,2x или 1,8x), которое связывает все фрагменты размером более 100 пар оснований. Это обеспечивает максимальное восстановление ДНК при удалении меньших нежелательных фрагментов. По мере уменьшения отношения меньшие фрагменты остаются в растворе, а более крупные фрагменты связываются с гранулами, например, соотношение 0,8x (т. е. 40 мкл гранул к 50 мкл образца) будет связывать все фрагменты размером более ~ 200 п.н. (рис. 3). Это называется левосторонний выбор размера , и важно помнить, что ДНК, которую вы выбираете (крупные фрагменты), связана с гранулами, в то время как супернатант содержит более мелкие фрагменты и отбрасывается.
Не выбрасывайте гранулы до элюирования!
Напротив левой стороны находится правый выбор размера , который работает посредством исключения размера (рис. 4). Гранулы SPRI смешивают с ДНК в нужном соотношении, чтобы связать большие фрагменты определенного размера, аналогично левосторонней реакции. Хотя теперь супернатант содержит более мелкие фрагменты, которые вы собираетесь сохранить, в то время как крупные фрагменты, связанные с бусинами, остаются и выбрасываются. Не выбрасывайте супернатант после первоначального связывания! Этот метод также называют «обратным» SPRI, поскольку вы выбрасываете гранулы и сохраняете надосадочную жидкость . Затем надосадочную жидкость переносят в свежую пробирку и проводят стадию повторного связывания со свежими гранулами с использованием соотношений > 1,0 для замены буфера и отбора всех фрагментов размером более > 100 п.н. Когда полученные фрагменты ДНК анализируются на Bioanalyzer/TapeStation, диапазон фрагментов, наблюдаемый для каждого соотношения, представляет собой ДНК, оставшуюся в супернатанте, а не ту, которая изначально была связана с гранулами и отброшена (рис.
5)
Сочетание левостороннего и правостороннего выбора размера может быть выполнено несколькими различными способами, но наиболее распространенный метод аналогичен правосторонней процедуре, описанной выше, за исключением того, что он использует шаг повторного связывания для выполнения левого -побочный выбор. Это называется двусторонним выбором размера , и, как правило, коэффициент выбора размера для левой стороны всегда должен быть больше, чем коэффициент выбора размера для правой стороны. Возможность манипулировать соотношениями таким образом позволяет выбрать узкий диапазон размеров, например, захватить все фрагменты ДНК размером от 250 до 600 п.н. (рис. 6).
Существует формула для расчета объема гранул, необходимого для повторной привязки левосторонней выборки, вычитания соотношения правой стороны из соотношения левой стороны и умножения на начальный объем образца: (соотношение левое – соотношение правое ) * мкл исходного образца.
Вот практический пример:
Первое связывание (правое соотношение): 0,5x SPRI (48,5 мкл шариков, 97 мкл ДНК)
- Фрагменты >600 п. н. на шариках.
- Фрагменты <600 п.н. в супернатанте.
- Удалите шарики, сохраните надосадочную жидкость (0–600 п.н.).
н. на шариках.Второе связывание (соотношение левой стороны) : 0,65x SPRI (14,6 мкл шариков, 130 мкл супернатанта с предыдущего шага)
- Фрагменты >250 п.н. на шариках.
- Фрагменты <250 п.н. в супернатанте
- Удалите супернатант, сохраните гранулы (250–600 п.н.)
Объем гранул, необходимый для второго связывания, был рассчитан по приведенным выше формулам: (0,65–0,5)*97 = (0,15*97) = 14,6 мкл
По мере того как выбранная область ДНК сужается, количество ДНК, связывающейся с исходным образцом, уменьшается, и, следовательно, уменьшается общее количество восстановленного образца (таблица 2). Необходимо учитывать эту потенциальную потерю образца при выполнении двустороннего выбора размера и убедиться, что вы начинаете с достаточного количества входной ДНК, чтобы было достаточно извлечено для последующей обработки.
Определения: Соотношения (слева-справа): Соотношение выбора размера левой стороны – Соотношение размера выбора размера правой стороны Область мазка Agilent 2100 Expert Smear Area, проанализированная для заданных соотношений (слева-справа) Дельта выбора (п.о.): разница между левой и правой точками выбора области Пример: 660 правых точек – 230 левых точек = 430 точек двойного деления
Альтернативы гранулам SPRI
Хотя выбор размера на основе гранул идеально подходит для размеров фрагментов в диапазоне от 100 до 800 п.н., они не могут эффективно связывать большие фрагменты более 1000 п.н. Вместо этого для нацеливания на более длинные фрагменты ДНК использовались растворы на основе геля, например те, которые необходимы для технологий секвенирования с длинным считыванием, таких как Pacific Biosciences (> 6 Kbp) и Oxford Nanopore (> 10 Kbp). Приборы, такие как BluePippin от Sage Science, используют электрофорез в импульсном поле и обладают способностью и гибкостью для выбора большого диапазона размеров фрагментов от 100 до 50 000 п.
н. Несмотря на свою эффективность при связывании крупных фрагментов, выбор размера на основе геля ограничен продолжительностью, дорогим оборудованием и плохим извлечением образца. Недавнее исследование смогло продемонстрировать, что модификации буферного раствора шариков SPRI путем регулирования концентрации соли и ПЭГ способны повышать порог определения размера и позволяют выбирать большие фрагменты ДНК размером до 10 т.п.н. (Stortchevoi et al.).
Резюме
Шарики SPRI можно использовать в различных химических процессах подготовки библиотеки NGS, они совместимы как с ручной, так и с автоматической обработкой. Их неспецифические и обратимые свойства связывания дают ученым инструмент для предсказуемого и последовательного выбора размера с высоким выходом ампликонов > 100 п.н.
Каталожные номера:
- Инструкции по применению Agencourt AMPure XP PCR Purification ( https://www. beckmancoulter.com/wsrportal/techdocs?docname=B37419)
- Руководство пользователя SPRIselect Выбор размера на основе SPRI ( https://research.fhcrc.org/content/dam/stripe/hahn/methods/mol_biol/SPRIselect%20User%20Guide.pdf)
- Сторчевой и др. (2020) « Выбор размера шариков SPRI в диапазоне 2–10 КБ» (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6944320/pdf/jbt.20-3101-002 -jbt.20-3101-002.pdf)
beckmancoulter.com/wsrportal/techdocs?docname=B37419)Свяжитесь с нами по адресу [email protected] или [email protected] для получения дополнительной информации и помощи в ваших проектах NGS!
Автор: Росс Макфадьен
Росс присоединился к Diagnostech в 2020 году в качестве специалиста по полевым приложениям, поддерживая портфолио Genomics. Он проявляет большой интерес к персонализированной медицине, особенно к использованию NGS в клинических условиях, которые, по его мнению, станут стандартом для пациентов в будущем, поскольку технологические достижения открывают доступ к этим передовым инструментам.
Выбор размера библиотеки с использованием шариков для очистки образцов
В некоторых наборах для подготовки библиотек, таких как Illumina DNA Prep (ранее известный как Nextera® DNA Flex) и TruSeq® DNA PCR Free, маленькие фрагменты библиотеки и очень большие фрагменты. Двусторонняя очистка предназначена для сужения диапазона размеров библиотек, что приводит к более стабильной производительности между библиотеками.
На первом этапе, также называемом правой очисткой, удаляются большие фрагменты библиотеки. Крупные фрагменты связывают с шариками и оставляют, а интересующая библиотека остается в супернатанте и переносится в новую лунку. Новые шарики добавляются в супернатант для второй очистки или очистки левой стороны. Желаемая библиотека теперь связана с гранулами и должна быть промыта и элюирована после удаления супернатанта, который содержит небольшие фрагменты библиотеки и димеры адаптера.
Соотношения для каждого шага двусторонней очистки варьируются в зависимости от желаемого конечного размера библиотеки, и, как правило, правостороннее соотношение меньше, чем левостороннее.
Расчет отношения шариков к библиотеке для правосторонней очистки такой же, как и для односторонней очистки, однако расчет соотношения для левосторонней очистки учитывает шарики, которые были добавлены в первую очередь. шаг, а также объем супернатанта, перенесенный с правой стороны очистки. Следующее уравнение используется для расчета коэффициента очистки левой стороны:
, где Vo = общий объем образца ДНК + шарики из 1 st шага
и Vt = объем супернатанта, перенесенного с правой стороны очистки.
Для расчета количества гранул, добавленных на этапе 2 nd , требуется масштабный коэффициент (Vo/Vt), если 100 % супернатанта не переносится или не может быть перенесено в новую лунку для левосторонней очистки. -вверх. Например, в TruSeq Nano DNA LP WF всего 250 мкл супернатанта из общего объема 260 мкл (образец ДНК + шарики из 1,9 мкл).0241-й шаг ) переносится с правой стороны уборки. В этом случае Vt = 250 мкл и Vo = 260 мкл, поэтому масштабный коэффициент Vo/Vt = 260/250 = 1,04.
Пример расчета:
Двусторонний выбор размера с коэффициентом очистки правой стороны 0,5x, коэффициентом очистки левой стороны 0,7x и исходным объемом образца ДНК 90 мкл.
Для этапа 1 st требуется 45 мкл гранул для коэффициента очистки правой стороны 0,5x. Затем 120 мкл супернатанта переносят из правой чистой лунки в новую лунку. Для 2 -й этап расчетное количество шариков по 16 мкл получают по формуле, основанной на коэффициенте очистки левой стороны, равном 0,7x.
Vo = 90 мкл + 45 мкл = 135 мкл; Vt = 120 мкл
Рис. 1. Красная кривая показывает окончательную библиотеку после двустороннего выбора размера. В этом случае на первом этапе удаляются крупные фрагменты, а на втором удаляются мелкие фрагменты. Более подробную информацию о выборе двойного размера можно найти в публикации. Транспозомы, связанные с шариками, обеспечивают рабочий процесс без нормализации для подготовки библиотеки NGS.